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図6 カルモジュリンが標的ペプチドを認識するときの典型的な複合体構造
従来のカルモジュリンと標的ペプチドの複合体構造においては、標的ペプチドは必ずαへリックス構造をとっています。また、ペプチドの特定の位置に疎水性の残基が存在して、カルモジュリンのN末端ドメインとC末端ドメインに存在する疎水性のポケットにこれらの残基がはまり込むようになっています。例えば、ミオシン軽鎖キナーゼ(MLCK)では、14個離れたところに疎水性の残基が存在しています。10個離れているカルモジュリンキナーゼII(CaMKII)や16個離れているカルモジュリンキナーゼキナーゼ(CaMKK)など様々なモチーフがあります。