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図１．シアノバクテリアと高等植物の光化学系II複合体の簡単な模式図による比較
光化学系II複合体は光エネルギーを利用して水分子を酸素、水素原子、そして電子に分解する。取り出された電子は、プラストキノン(PQ)と呼ばれる分子を還元し(PQH2)、次のステップへと運ばれる。水分解－酸素発生反応を直接触媒するのは4分子のマンガン原子(Mn)である。その周辺には酸素発生系と呼ばれる膜表在型のタンパク質が存在するが、その構成タンパク質がシアノバクテリア(PsbO, PsbV, PsbU, PsbQ?)と高等植物(PsbO, PsbP, PsbQ)では異なっている。PsbQに関しては、シアノバクテリアの光化学系IIにPsbQと似たタンパク質が存在するとの報告があるが、どこに結合しているかは明らかではない。