リンゴ銀葉病菌由来エンドポリガラクツロナーゼの超高分解能構造解析
Inquiry number
SOL-0000001637
Beamline
BL41XU (Macromolecular Crystallography I)
Scientific keywords
| A. Sample category | atom, molecule, radical, biology, medicine |
|---|---|
| B. Sample category (detail) | biomolecule, crystal, protein, pharmaceuticals |
| C. Technique | X-ray diffraction |
| D. Technique (detail) | single crystal |
| E. Particular condition | low-T (~ liquid N2) |
| F. Photon energy | X-ray (4-40 keV) |
| G. Target information | chemical state, molecular structure, structure analysis, function and structure, charge density |
Industrial keywords
| level 1---Application area | environment, Pharmaceuticals |
|---|---|
| level 2---Target | drug design, process analytical technology (PAT), food |
| level 3---Target (detail) | protein, drug |
| level 4---Obtainable information | interatomic distance, crystal structure, local structure, electronic state, chemical state, absolute configuration |
| level 5---Technique | diffraction, X-ray diffraction |
Classification
A80.50 Pharmaceuticals, M10.10 single crystal diffraction
Body text
エンドポリガラクツロナーゼは、植物細胞壁の主要成分であるペクチンのポリガラクツロン酸の-1,4グリコシド結合を加水分解するグリコシダーゼです。
２００２年に発表した論文(Biochemistry, 41, 6651-6659, 2002)では、SPring-8/BL44B2でX線回折実験を行い、0.96Å分解能で立体構造を決定しました(図１)。
さらに高分解能での構造解析を行うため、結晶化やX線回折実験の条件を検討した結果、ＢＬ４１ＸＵの高輝度Ｘ線を用いることで、0.76Å分解能までの回折を確認し(図２)、0.85Å分解能での構造解析に成功しました(図３)。
現在は、アンジュレータ３次光による短波長Ｘ線と大面積２次元検出器を用いることで0.7Å分解能を超える回折点を確認しています。
図１. リンゴ銀葉病菌由来エンドポリガラクツロナーゼの構造モデル (PDB ID: 1K5C)
図２. エンドポリガラクツロナーゼの0.76Å分解能でのＸ線回折写真
この回折写真はＢＬ４１ＸＵで以前使用されていたＣＣＤ検出器(mar research社製 marCCD165)を用いて記録されました。
図３. エンドポリガラクツロナーゼの0.85Å分解能での電子密度マップ
Source of the figure
Private communication/others
Description
コメント参照のこと
Technique
Source of the figure
No figure
Required time for experimental setup
8 hour(s)
Instruments
| Instrument | Purpose | Performance |
|---|---|---|
| タンパク質結晶用回折装置 | Ｘ線回折像の記録 |
References
| Document name |
|---|
| T. Shimizu, et al., Biochemistry, 41, 6651-6659 (2002) |
Related experimental techniques
Questionnaire
The measurement was possible only in SPring-8. Impossible or very difficult in other facilities.
This solution is an application of a main instrument of the beamline.
Ease of measurement
With a great skill
Ease of analysis
Middle
How many shifts were needed for taking whole data in the figure?
Four-nine shifts